在人类中，肝移植受者比肾脏或心脏移植受者需要更少的免疫抑制。此外，移植肝脏的患者可以脱离免疫抑制（这在大多数情况下在肾脏或心脏移植物中是不可能的），并且肝脏移植物可以耐受其他类型的移植物，例如肾脏、心脏或皮肤移植物。有趣的是，将抗原注射到门静脉（与下腔静脉相比）会导致耐受性。这些数据强调肝脏可以调节全身免疫反应。肝移植耐受性存在几种提出的机制。一种模型是肝脏中的抗原呈递细胞(apc)、库普弗细胞、星状细胞和肝窦内皮细胞(lsec)以致耐受的方式呈递抗原。因此，在肝脏内培养的同种异体特异性 t 细胞要么被耐受，要么被删除。自然杀伤(nk)细胞-肝细胞通过 nkg2a 相互作用也已被证明可诱导肝脏中的 tregs 。
据推测，一些病毒[例如，丙型肝炎病毒、乙型肝炎病毒(hbv)]“劫持”了肝脏的致耐受机制，导致 ctl 的无效或短暂启动以及随后的感染清除不完全。有趣的是，病毒特异性 cd4 和 cd8 t 细胞反应能够成功清除少数患者的病毒，病毒控制与 t 细胞反应的更广度和深度相关。这些 t 细胞反应的失败与病毒的持久性有关。有多种抑制途径导致慢性肝炎的 t 细胞功能障碍，包括：(i)通过 treg 和细胞因子的外在调节；(ii)通过共抑制分子如程序性死亡 1 (pd-1)或 ctl 相关抗原 4 (ctla-4)进行内在调节；(iii)删除能够识别病毒的 t 细胞。这些机制使病毒持久存在，并突出了肝脏免疫耐受的致命弱点。